• 人と人とのつながりを中心とする保健医療協力。
• より貧しく弱い立場に置かれた人々への保健医療活動。
• 上記を達成するための人材育成。

JOCSのルーツは、1938年に行われた中国大陸での医療活動にさかのぼります。当時、日本軍の侵攻によって難民が多数出るなど、中国の人々は苦難を強いられていました。その窮状を見かねた日本人牧師の呼びかけに応じて、医師や医学生、看護師等による医療チームが大陸に渡り、協力活動を行いました。戦後、その人々も含めたクリスチャンの医療従事者が日本各地から集まり「日本キリスト者医科連盟」を結成し、医療奉仕活動を始めます。1958年、日本キリスト者医科連盟の代表が香港で行われた東アジアキリスト者医療従事者会議に出席し、アジアの医療従事者を研修のため日本に受け入れることを表明したことに端を発して、海外から保健医療従事者の派遣や研修支援の要請が続きました。それらの要請に応えるため、JOCSは1960年に設立されました。JOCSは、日本がアジアの人々に対して犯した戦争への深い反省に立ち、和解と平和の実現を願って設立されたのです。